Veidlapa Nr. M-3 (8)
Studiju kursa apraksts
Izdzīvotības analīze
Kursa kods
SL_118
Zinātnes nozare
Citas medicīnas un veselības zinātnes, tai skaitā tiesu medicīniskā ekspertīze; Citas medicīnas zinātņu apakšnozares
Kredītpunkti (ECTS)
3,00
Mērķauditorija
Dzīvās dabas zinātnes
LKI
7. līmenis
Studiju veids un forma
Pilna laika; Nepilna laika
Studiju kursa īstenotājs
Kursa vadītājs
Andrejs Ivanovs
Struktūrvienības vadītājs
Andrejs Ivanovs
Struktūrvienība
Statistikas mācību laboratorija
Kontaktinformācija
Kapseļu iela 23, 2.stāvs, Rīga, statistika@rsu.lv, +371 67060897
Par studiju kursu
Mērķis
Studiju kursa mērķis ir sniegt studentiem padziļinātas zināšanas par laiks līdz notikumam datu analīzes metodoloģiju, kas ļoti bieži sastopami biomedicīnas pētījumos (klīniskajā izpētē, kohortas pētījumos). Mērķis ir nodrošināt studentiem rīkus un izplatītākās metodes, kas tiek izmantotas šādiem datiem, kā arī īsu pārskatu par padziļinātām un aktuālām tēmām. Kurss lielā mērā koncentrēsies uz praktisko darbu, papildus apskatot arī matemātisko pamatu un metodoloģijas pamatojumu. Statistikas programmatūra „R” tiks izmantota praktiskajās datornodarbībās, kur studenti analizēs reālas datu kopas, lai spētu pārliecināti pielietot metodoloģiju praktiskai datu analīzei.
Priekšzināšanas
• Pārzina varbūtību teoriju un matemātisko statistiku. • Pamatzināšanas „R” programmatūrā. • Pamatzināšanas par lineārajiem modeļiem un statistiskā novērtēšanas metodēm (maksimālā ticamība/iespējamība).
Studiju rezultāti
Zināšanas
1.Pēc kursa sekmīgas apgūšanas studējošie pārzina statistiskās analīzes metodoloģijas klāstu, kas pieejams laiks līdz notikumam datiem. Studējošie būs ieguvuši plašas zināšanas par klasiskajām metodēm, piemēram, Kaplana-Meiera novērtējumu un Koksa proporcionālo draudu modeļa izdzīvotības datiem, kā arī priekšstatu un izpratni par sarežģītākām tēmām: zināt, kādās situācijās vajadzīgas nestandarta metodes un kādi ir pieejamie resursi analīzes veikšanai.
Prasmes
1.• Studējošie spēs patstāvīgi rīkoties ar izplatītākajiem izdzīvotības datu veidiem, vajadzības gadījumā pārveidojot datu formātus un izmantojot izdzīvotības sadalījumu grafiskās vizualizācijas rīkus. • Spēja pielāgot Koksa proporcionālo draudu modeļus, apzinoties pamatā esošos pieņēmumus un izmantojot piemērotus rīkus modeļa diagnostikai. • Studējošie spēs prezentēt rezultātus zinātniskām prezentācijām un publikācijām atbilstošā formātā.
Kompetences
1.• Pēc kursa sekmīgas apguves studējošais būs kompetents zinātnisko publikāciju atlasīšanā un kritiskā lasīšanā, kurās ir izmantota izdzīvotības analīzes metodoloģija, kā arī secinājumu izveidošanā un zinātnisko pierādījumu apkopošanā. • Studējošie spēs plānot datu analīzi turpmākam pētījumam, izmantojot izdzīvotības analīzes metodoloģiju. • Studējošie ierosinās virkni iespējamo standarta metodikas paplašinājumu (konkurējošie riski, frailty modeļi) un spēs strādāt ar pieejamajiem literatūras resursiem, lai izstrādātu plānu, kas atbilst viņu analīzes vajadzībām.
Vērtēšana
Patstāvīgais darbs
|
Virsraksts
|
% no gala vērtējuma
|
Vērtējums
|
|---|---|---|
|
1.
Patstāvīgais darbs |
-
|
-
|
|
1. Patstāvīgais darbs ar kursa materiālu, gatavojoties visām lekcijām pēc plāna.
2. Patstāvīgs datu analīzes projekts, lai praktizētos darbā ar praktiskajās nodarbībās apgūtajiem rīkiem.
|
||
Pārbaudījums
|
Virsraksts
|
% no gala vērtējuma
|
Vērtējums
|
|---|---|---|
|
1.
Pārbaudījums |
-
|
-
|
|
Novērtējums 10 ballu skalā saskaņā ar RSU Studiju reglamentu:
• Patstāvīgs datu analīzes projekts (50%) un projekta rezultātu prezentācija (50%).
|
||
Studiju kursa tēmu plāns
PILNA LAIKA
1. daļa
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Ievads laiks līdz notikumam datiem: cenzēšana, laika skalas, izdzīvotības un riska funkcijas. Izdzīvotības laika izplatītie parametriskie sadalījumi.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Laiks līdz notikumam dati un parametriskie izdzīvotības sadalījumi „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Izdzīvotības funkcijas Kaplana-Meiera novērtējums.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Kaplana-Meiera novērtējums un izdzīvotības funkcijas grafiski rādītāji „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Izdzīvotības datu modeļi: proporcionālie draudi un paātrināta neveiksmes laika modeļi. Parametriskā modelēšana.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Parametriskie izdzīvotības modeļi „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Koksa proporcionālo draudu modelis: modeļa pielāgošana, izmantojot parciālās ticamības metodi.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Koksa modeļu pielāgošana „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Koksa proporcionālo draudu modelis: diagnostika, atlikumi, prognozes. No laika atkarīgie kovariāti.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Koksa modeļu diagnostika un prognozes „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
2
|
Tēmas
|
Pārskats par dažiem Koksa modeļa paplašinājumiem: konkurējošo risku modeļi, atkārtotu notikumu modeļi, frailty modeļi, garengriezuma un laiks līdz notikumam datu kopīga modelēšana.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Izdzīvotības un kumulatīvās incidences funkciju novērtējums konkurējošu risku klātbūtnē „R”. Modeļi ar kovariātiem, kas atkarīgi no laika.
|
Kopā kredītpunkti (ECTS):
3,00
Kontaktstundas:
24 ak. st.
Gala pārbaudījums:
Eksāmens (Mutisks)
NEPILNA LAIKA
1. daļa
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Ievads laiks līdz notikumam datiem: cenzēšana, laika skalas, izdzīvotības un riska funkcijas. Izdzīvotības laika izplatītie parametriskie sadalījumi.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Laiks līdz notikumam dati un parametriskie izdzīvotības sadalījumi „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Izdzīvotības funkcijas Kaplana-Meiera novērtējums.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Kaplana-Meiera novērtējums un izdzīvotības funkcijas grafiski rādītāji „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Izdzīvotības datu modeļi: proporcionālie draudi un paātrināta neveiksmes laika modeļi. Parametriskā modelēšana.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Parametriskie izdzīvotības modeļi „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Koksa proporcionālo draudu modelis: modeļa pielāgošana, izmantojot parciālās ticamības metodi.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Koksa modeļu pielāgošana „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Koksa proporcionālo draudu modelis: diagnostika, atlikumi, prognozes. No laika atkarīgie kovariāti.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Koksa modeļu diagnostika un prognozes „R”.
|
-
Lekcija
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Auditorija
|
1
|
Tēmas
|
Pārskats par dažiem Koksa modeļa paplašinājumiem: konkurējošo risku modeļi, atkārtotu notikumu modeļi, frailty modeļi, garengriezuma un laiks līdz notikumam datu kopīga modelēšana.
|
-
Nodarbība/Seminārs
|
Modalitāte
|
Norises vieta
|
Kontaktstundas
|
|---|---|---|
|
Klātiene
|
Datorklase
|
2
|
Tēmas
|
Izdzīvotības un kumulatīvās incidences funkciju novērtējums konkurējošu risku klātbūtnē „R”. Modeļi ar kovariātiem, kas atkarīgi no laika.
|
Kopā kredītpunkti (ECTS):
3,00
Kontaktstundas:
18 ak. st.
Gala pārbaudījums:
Eksāmens (Rakstisks)
Bibliogrāfija
Obligātā literatūra
1.
Collett D. Modelling Survival Data in Medical Research (3rd Edition). Chapman and Hall/CRC, 2014.
Papildu literatūra
1.
Andersen, P. K. and Keiding, N. Survival and event history analysis. Wiley, 2006.